พระมงคลกิตติธาดาได้อาพาธและเข้ารักษาตัวที่โรงพยาบาลสรรพสิทธิประสงค์ จ.อุบลราชธานี ด้วยอาการโรคหัวใจ ความดันโลหิต และโรคปอดบวม ทางแพทย์ได้ดูแลเยียวจนสุดความสามารถ แต่อาการก็มีแต่ทรงและทรุดมาตลอด จนมรณภาพด้วยอาการสงบ เมื่อวันอังคารที่ 23 พฤศจิกายน 2553 สิริอายุ 79 ปี 59 พรรษา